запустить рубиновую программу при запуске

Вы можете использовать служебную программу командной строки xdotool для создания событий мыши (и клавиатуры).

Это довольно универсальный вариант, поэтому вам, вероятно, нужно посмотреть руководство, чтобы найти команды для вашего

Например, чтобы переместить курсор в позицию пикселя 500 500 и щелкнуть, вы запустите

xdotool mousemove  500 500
xdotool click 1 # 1 is the left button.