Август LP205R на Ubuntu GNOME 15.04

Существует не только одно место, где apt-get читает файлы конфигурации. Вы должны запустить grep proxy /etc/apt/apt.conf.d/*, и он даст вам точный файл с настройками прокси-сервера (это просто пример, выполняющийся с update вместо proxy:

grep update /etc/apt/apt.conf.d/*
/etc/apt/apt.conf.d/20apt-show-versions:// When Apt's cache is updated (i.e. apt-cache update)
/etc/apt/apt.conf.d/20packagekit:// Whenever dpkg is called we might have different updates
/etc/apt/apt.conf.d/20packagekit:// i.e. if an user removes a package that had an update
/etc/apt/apt.conf.d/20packagekit:"/usr/bin/test -e /usr/share/dbus-1/system-services/org.freedesktop.PackageKit.service && /usr/bin/test -S /var/run/dbus/system_bus_socket && /usr/bin/gdbus call --system --dest org.freedesktop.PackageKit --object-path /org/freedesktop/PackageKit --timeout 1 --method org.freedesktop.PackageKit.StateHasChanged cache-update > /dev/null; /bin/echo > /dev/null";
/etc/apt/apt.conf.d/20packagekit:// When Apt's cache is updated (i.e. apt-cache update)
/etc/apt/apt.conf.d/20packagekit:"/usr/bin/test -e /usr/share/dbus-1/system-services/org.freedesktop.PackageKit.service && /usr/bin/test -S /var/run/dbus/system_bus_socket && /usr/bin/gdbus call --system --dest org.freedesktop.PackageKit --object-path /org/freedesktop/PackageKit --timeout 1 --method org.freedesktop.PackageKit.StateHasChanged cache-update > /dev/null; /bin/echo > /dev/null";