Еще одна возможность, с которой я столкнулся, заключается в том, что вы запустили программу установки приложений с помощью sudo и выбрали опцию start application now - создание каталога .frozenbyte, принадлежащего root, и не позволит приложению сохранять свои настройки, когда вы запускаете его как обычный пользователь.