Если вы обновите Ubuntu из диспетчера обновлений, все ваши настройки grub должны оставаться на месте. Он работал для меня много раз без проблем.
Вы заметите, что для обновления с 12.04 по 13.04 на самом деле требуется два обновления для документации: сначала с 12.04 по 12.10, затем с 12.10 по 13.04.
Чтобы не повредить вашу запущенную систему , обновление должно выполняться только с одного выпуска до следующего выпуска (например, Ubuntu 12.04 до Ubuntu 12.10) или от одного выпуска LTS до следующего (например, Ubuntu 10.04 LTS to Ubuntu 12.04 LTS).