Или tou может добавить в ваш /etc/apt/apt.conf что-то вроде этого:
Acquire::socks::proxy "socks://user:pass@host:port/";
Почему бы не использовать apt-src? На странице man говорится:
trusty (1) apt-src.1p.gz
Provided by: apt-src_0.25.1-0.2_all bug
NAME
apt-src - manage debian source package trees
SYNOPSIS
apt-src [options] command
apt-src [options] install|remove pkg1 [pkg2 ...]
apt-src location pkg
DESCRIPTION
apt-src is a command line interface for downloading, installing,
upgrading, and tracking debian source packages. It can be run as a
normal user, or as root.
Работает для меня!