Поскольку зависимость пакета ubuntu-desktop от file-roller жесткая (она зависит, в отличие от рекомендаций или предложений), вы не можете удалить file-roller без удаления ubuntu-desktop.
На другая сторона ubuntu-desktop является мета-пакетом, поэтому вы можете достичь эквивалента, установив все пакеты, от которых он зависит, кроме file-roller, хотя я сомневаюсь, что это стоит усилий.
Почему бы не сохранить оба установленных?