Я не знаю о xrandr, cvt и т. д. toold, но в моем человеческом мнении проблема с повреждением возникает, когда вы пытаетесь установить неправильное разрешение + неправильную частоту обновления вашего монитора, и это не зависит от того, какие инструменты вы будет использоваться для его настройки. В любом случае, я думаю, что все новые мониторы (наверняка все, что я использовал с сегодняшнего дня) защищены, прежде чем пытаться установить неправильную частоту обновления - ваш монитор просто отключит их.