Как регистрировать доступ к определенному файлу?

Когда вы запускаете ту же самую команду внутри каталога, она не включает скрытые файлы, начинающиеся с . в счете. Если вы, например, установили Steam, по умолчанию устанавливаете игры под ~/.local/share/Steam/, и он сам также устанавливается там.

В bash вам, по-видимому, нужно запустить du -sch .[!.]* *, поскольку он неправильно расширяет .* glob. В разделе zsh или других оболочках du -sch * .* должен работать, поскольку .* следует развернуть, чтобы включить список всех скрытых файлов в текущий каталог.