@reboot работает с командой, но не скриптом - Cron

Не полный ответ, но сначала вам нужно отключить глобальное меню:

sudo -s
echo "export UBUNTU_MENUPROXY=" > /etc/X11/Xsession.d/81ubuntumenuproxy

Затем перезагрузите компьютер. Если вы хотите восстановить глобальные меню, просто удалите этот файл (sudo rm /etc/X11/Xsession.d/81ubuntumenuproxy).

После этого, если вы можете как-нибудь удалить верхнюю панель, по крайней мере, вы сохраните большую часть своей функциональности. Вам потребуется какая-то замена для некоторых индикаторов, таких как сетевой менеджер и меню сеансов.