Командная строка Grub имеет несколько идентичных опций

Я только что нашел решение этой проблемы:

Удалите файлы xkm в /var/lib/xkb, выйдите из системы и войдите в систему.

Некоторые строки в /var/log/Xorg.0.log указывают что Xorg перекомпилирует и повторно использует раскладки клавиатуры:

XKB: generating xkmfile /var/lib/xkb/server-FC37972E27A8F94CD9F5DD859C120B9D933CC5F8.xkm
...
# and on a next restart:
...
XKB: reuse xkmfile /var/lib/xkb/server-FC37972E27A8F94CD9F5DD859C120B9D933CC5F8.xkm