Некоторые вирусы будут изучать все диски. Это значит, что они могут заразить ваш компьютер. Другие только заражают системный диск, что звучит плохо, но помните, что системный диск в Windows - это C: /, который является виртуальным диском в Wine. Но Wine перенаправляет папки пользователей в ваши папки ubuntu, чтобы они могли иметь эффект. Другими словами, ваша домашняя папка может быть заражена. Это вирус Windows - он будет нацелен на системные папки - для виртуального диска, а не для Ubuntu. В принципе, они могут нанести вред, но если они не находятся за пределами виртуального диска C, вы можете просто удалить виртуальный диск и переустановить Wine.