См., чтобы свести к минимуму приложение, вы увидите вариант, такой же, как Windows 7, но в левой части экрана, если ваше приложение максимизировано, вам нужно прокрутить курсор в верхний левый угол экрана и свести к минимуму он сведется к минимуму на пусковой установке ubuntu
лично я бы предпочел не запускать java-приложения как root.
Если вы хотите запустить его, вы должны попробовать sth следующим образом:
javaws foo.jnlp
Детали будут необходимы, чтобы помочь вы больше.
привет из Швейцарии, Майкл