В этом списке перечислены все установленные пакеты, которые были автоматически установлены:
aptitude search '~i!~E' | grep -v "i A" | cut -d " " -f 4
Это, вероятно, самое близкое к тому, что вы хотите. Он по-прежнему будет включать библиотеки, которые были втянуты в зависимость от пакетов, но не будет содержать какие-либо пакеты в системе по умолчанию.