Все направляющие, которые я видел, рекомендуют использовать команду dpkg --get-selections и перенаправлять вывод в текстовый файл.
Нет ли файла где-то в файловой системе, которая содержит список все установленное программное обеспечение, включая зависимости? Файл, который обновляется каждый раз, когда установлен пакет / зависимость.