Я разработал обходной путь для этой проблемы. Это происходит потому, что Flash неправильно определяет размер экрана при использовании мультимонитора, поэтому я закодировал хакер LD_PRELOAD, который передает Flash другое значение, когда он запрашивает размер экрана. Вы можете получить его с моей веб-страницы:
Обходное решение для Flash на Linux Настольные компьютеры Multihead | Веб-сайт Al
Немного сложно установить (вы должны ввести свой размер экрана в код и скомпилировать его самостоятельно), но он работает.