Нет реального решения, кроме как ждать ошибки # 44082, которая будет исправлена. Однако существует (очень хакерское) решение проблемы. Поместите свои апплеты панели туда, где вы хотите, затем запустите gconftool-2 --dump /apps/panel panel_backup.xml. Когда апплеты будут запутаны, запустите
gconftool-2 --load panel_backup.xml
killall gnome-panel