Я использую gnome-shell в Ubuntu 11.10 и создал свою программу запуска для PhpStorm, используя тот же метод в Gnome 3, который я бы использовал в Gnome 2: я использовал приложение Main Menu.
Приложение отображается в поиске и может быть добавлено в избранное без каких-либо икота.