Вы нажали кнопку Apply System Wide (выделено)? Если вы не настроите прокси-серверы локально на свой сеанс Gnome, и поэтому, когда root отключается для загрузки пакетов, он не будет использовать одни и те же сетевые настройки.
Один из способов решения этой проблемы - сбросить все до своего исходного значения.
Из Ubuntuhandbook:
Вы можете сбросить compiz с помощью следующей команды:
dconf reset -f /org/compiz/
Затем сбросьте Unity, используя:
setsid unity