Нажмите «Apply System-Wide ...» и убедитесь, что все ваши интернет-приложения настроены на использование системного прокси. Нет ничего более, чем это. Нет необходимости вмешиваться в конфигурационные файлы и сценарии запуска.
Я лично использовал /data более 5 лет на Ubuntu, без проблем. Хотя это не может быть «кошерным», он делает то, что он должен делать.