Лучший способ, который работал для меня, - это добавить ваши изменения в Xsession.d, чтобы он автоматически загружался для всех пользователей при входе в X:
(файл не существует, так что вы можете назвать его как хотите. Числа слева означают порядок, в котором он будет выполнен по сравнению с другими файлами.)
sudo nano /etc/X11/Xsession.d/80synaptics
Добавьте только команды synclient в этот файл:
synclient TapButton2=2 TapButton3=3
(должен принадлежать root, с разрешениями 644)
chmod 644 /etc/X11/Xsession.d/80synaptics