Сначала вы получите список избранных:
$ gsettings get com.canonical.Unity.Launcher favorites
Результат должен быть таким:
['ubiquity-gtkui.desktop', 'nautilus-home.desktop', 'firefox.desktop', 'libreoffice-writer.desktop', 'libreoffice-calc.desktop', 'libreoffice-impress.desktop', 'ubuntu-software-center.desktop', 'ubuntuone-installer.desktop', 'gnome-control-center.desktop']
Теперь откройте файл /usr/share/glib-2.0/schemas/com.canonical.Unity.gschema.xml для редактирования, найдите схему с помощью id="com.canonical.Unity.Launcher" и замените значение <default> <key type="as" name="favorites"> на пользовательские настройки с первого шага.