Использовать ffmpeg https://www.ffmpeg.org/
ffmpeg -i filename.mkv -c:v copy -c:a copy output.avi
источник: https://www.ffmpeg.org/
Почему вы занимаетесь удалением папки? Удаление папки может произойти только тогда, когда оно пустое. И когда вы предоставляете доступ на запись внутри папки, все файлы могут быть удалены. Если вы хотите, чтобы папка была доступна в любое время, вы можете создать сценарий для ее воссоздания, если он был удален.
[ ! -d *folder* ] && mkdir *folder*