У меня была такая же проблема после «Create Desktop Entry ...». Вот что решило мою проблему: перейдите в папку bin PyCharm и добавьте следующую строку в начало скрипта pycharm.sh:
export JDK_HOME='your java home folder'
и сохраните файл. Теперь запустите запись запуска из Unity.
Я бы сказал, что вы даже не должны использовать upgrade: скорее перестройте изображение с помощью --no-cache и выполните обычные пары update и install, которые будут извлекать последние версии пакета.