Если они больше не требуются, apt будет знать, когда он создает зависимости. apt-get просто сообщит вам: «Эй, вы удалили что-то, что устанавливало эти пакеты. Я предпочитаю, чтобы вы решали, что с ними делать, поскольку вы босс».
Теперь это безопасно? Да. Что произойдет, если вам понадобится снова? apt загрузит их. Должен ли я проверять список? Да. Может потребоваться световая проверка.