Когда я использовал Lucid 10.04 в прошлом году, у меня была такая же проблема. Исправление было, как вы говорите, отключить эффекты рабочего стола, но мы не можем легко сделать это с помощью Natty 11.04 без остановки Unity.
Однако в какой-то момент было исправлено и обновлено код для 10.04 Lucid в прошлом году это сделало эффекты рабочего стола с VNC возможным. С этой целью я надеюсь, что эта ошибка для Natty 11.04 будет исправлена в ближайшее время!