Вот еще один вариант, который я использую в настоящее время. Вместо того, чтобы использовать эту раскладку клавиатуры по умолчанию, которая не включает верхний индекс и индекс Alef, просто используйте другую раскладку клавиатуры.
Создайте собственный макет или получите его из этой пользовательской раскладки на арабской клавиатуре. Поместите файл макета в каталог /usr/share/X11/xkb/symbols/ и зарегистрируйте его, изменив файл /usr/share/X11/xkb/rules/evdev.xml, добавив его в узел <layoutList>, как это (взято из ссылки выше):
<layoutList>
...
<layout>
<configItem>
<name>SIMPLE FILE NAME, NOT FULL PATH</name>
<shortDescription>USUALLY TWO-LETTER COUNTRY CODE</shortDescription>
<description>USUALLY FULL COUNTRY NAME</description>
<languageList>
<iso639Id>THREE-LETTER LANGUAGE CODE</iso639Id>
</languageList>
</configItem>
<variantList></variantList>
</layout>
...
</layoutList>
Теперь просто нажмите ` (клавиша backtick / tilde) для U+0670 ARABIC LETTER SUPERSCRIPT ALEF и Shift + R для U+0656 ARABIC SUBSCRIPT ALEF. Существует также U+0657 ARABIC INVERTED DAMMA, нажав Shift + 4.