Нет никаких несовместимых расширений файлов. Ububntu действительно не заботится о расширениях файлов и просто видит файл.
Он обрабатывает каждый файл одинаково и не разбивает их на разные типы, которые нужно обрабатывать по-разному.
Программы и приложения сами знают, как обращаться с расширениями файлов, если они натолкнутся на них, но если вы попросите приложение Ubuntu открыть файл, он не будет беспокоиться о расширении, если ему не нужна его собственная программная логика.