Репозиторий содержит приложение для резервного копирования: automysqlbackup. Резервные копии создаются из всей базы данных, включая привилегии, и помещаются в /var/lib/automysqlbackup/. Это можно изменить в /etc/default/automysqlbackup.
О части версии, репозиторий растет только по размеру. Лучшее решение может отличаться двумя резервными копиями. Такой скрипт можно настроить с помощью крюка POSTBACKUP (см. Нижнюю часть /etc/default/automysqlbackup).
Вам также может быть интересен аналогичный вопрос в Serverfault: инкрементное резервное копирование MySQL с помощью Subversion