Если бы аналогичная проблема на Debian 5,
, простой перезапуск ntp разрешил ее для меня
/etc/init.d/ntp stop
/etc/init.d/ntp start
на всякий случай, если другие имеют одинаковые проблемы
[d3 ] Недавно был установлен NTPD, кажется, что требуется перезагрузка после установки, я также заметил это на Debian 6.