Я скопировал
/opt/eclipse/plugins/org.eclipse.sdk_3.7.1.v201109091335/eclipse48.png
в
/usr/share/pixmap/eclipse.png
(извлек затмение в /opt), и снова появились значки запуска и рабочего стола eclipse (загадочно исчезнувшие).
Примечание. Я также скопировал все размеры, как было рекомендовано выше, но только после того, как я скопировал /usr/share/pixmaps, что значок появился