Вы можете использовать vboxmanage startvm "my virtual machine" --type=headless|gui|sdl (один из них). Используйте «без головы», если это серверы, к которым вы подключаетесь другими способами, чем использование gui.
Чтобы запустить эти команды в нужное время во время загрузки, вы захотите прочитать Upstart.