Я не уверен, что понимаю, но если вы удалите разрешение на выполнение из папок, вы не сможете заглянуть внутрь них. (Итак, если вы удалили разрешение на выполнение из /var/www, вы не смогли бы увидеть какие-либо файлы внутри.)
Попробуйте следующее в терминале. (Он будет изменять разрешения для всего, что находится под /var/www.)
chmod u+x -R /var/www
find /var/www -type f | xargs chmod u-x
Теперь папки должны быть исполняемыми (поэтому вы можете посмотреть их внутри), но файлы не являются.
Помогает ли это?