Добро пожаловать в AskUbuntu. Лучший способ разработки программ, работающих как на Linux, так и на Windows, - это сделать это на переносной платформе или переносном языке. Некоторые параметры: Java Pyhon C / C ++ (в этом случае вам нужно перекомпилировать программу на компьютере Windows) C #
В течение первых трех я рекомендую Eclipse как IDE; для C # Monodevelop - путь.
Но может быть Eclipse .