Новые версии Okular могут сохранять аннотации непосредственно в файле PDF.
По умолчанию аннотации сохраняются в локальном каталоге для каждого пользователя. Однако, если вы выберете «Файл» -> «Сохранить как ...», вы сможете сохранить свои аннотации в новом PDF-файле, чтобы они были видны любому другому средству просмотра PDF. (См. Http://okular.kde.org/faq.php#annotateandsendtofriend)