Настройки хранятся в dconf: вы должны использовать dconf-editor (от dconf-tools), чтобы найти их, и API GSettings для их редактирования из вашего скрипта / программного обеспечения.
Хорошее программирование и комментарий в здесь, если у вас есть больше вопросов или проблем. ;-D