Unity 2D ищет файлы .desktop в каталоге /usr/share/applications. Это можно найти, используя следующее в терминале:
locate firefox.desktop
Для меня это сработало, добавив одну из запущенных программ, которые уже были там (например, gimp.desktop), используя следующее в терминале [ ! d1]
gconf-editor
, чтобы добавить запись в список gimp.desktop в разделе desktop/unity-2d/launcher.