Есть ли такая вещь, как пользовательская установка Ubuntu 16.04, поэтому я устанавливаю только те приложения, которые необходимы / зависимы, и мой собственный выбор?

Предполагаю, что автономный режим не будет использовать ваши настройки и профиль для запуска, поэтому может быть полезно, если у вас есть поврежденный профиль или настройки, которые не позволяют вам запускать приложение.