Некоторые предложения:
Я не считаю, что уведомления Gwibber отображаются, когда окно Gwibber открыто / видимо. Это не обязательно, но попробуйте закрыть главное окно с помощью кнопки закрытия (а не опции quit) и посмотреть, начинаете ли вы получать уведомления. Когда окно Gwibber закрыто, проверьте, что процесс gwibber-service все еще запущен, либо в системном мониторе, либо в верхнем, либо в ps x | grep gwibber. Если это не так, что-то не так. Если все остальное не удается, сообщите об ошибке, выполнив ubuntu-bug gwibber.