Это можно легко сделать с помощью avidemux (sudo apt-get install avidemux для его установки).
Откройте видеофайл с помощью avidemux, затем выберите кодек для аудио в выпадающем списке, затем перейдите в раздел «Аудио», и вы найдете опцию «Сохранить ...».