В какие промежутки времени ntpd обновляет время?

Это сценарий bash? Попробуйте

Exec=/bin/bash /home/user1/.local/share/nemo/actionsocrFile.sh %F

(или даже /bin/sh, который обычно dash может быть немного быстрее.)

Что касается отладки, в командной строке:

Затем запустите действие из окна nemo, которое будет открыто.