В вашем случае самым простым и безопасным вариантом было бы установить Ubuntu и установить его для использования этого второго жесткого диска, чтобы установить его диспетчер загрузки (Grub).
При загрузке вашего компьютера, для загрузки Ubuntu, нажмите клавишу для последовательности загрузки вашего Bios или UEFI и выберите диск с Ubuntu.
Трюк должен был сделать ноутбук, чтобы начать с этого диска, как обычно, установщик Ubuntu добавит Windows в его и вы сможете выбрать. Я использовал эту настройку в течение некоторого времени.
Если у вас установлена Windows с UEFI (если ваш ноутбук поддерживает), то это будет еще проще, установщик в самых последних версиях позаботится о вас без многих вопросов, так как для систем UEFI используется только один общий partiotion (это специальный раздел UEFI, пользовательский fat32 с некоторыми вещами, организованный особым образом).