Была та же проблема на 13.10 с мониторами Nvidia NVS 510 и 4. Несмотря на то, что nvidia-settings были правильно настроены и сохранены в xorg.conf после того, как параметры перезагрузки перезагрузки не были сохранены.
Решение заключалось в том, чтобы открыть System Settings & rarr; Отображает и настраивает мониторы снова в правильной конфигурации. Затем нажмите «Применить». Я полагаю, что это то, что пишет ~/.config/monitors.xml.
После этого все работало нормально и сохранялось после перезагрузки.