У меня была такая же проблема, и я ответил на этот ответ на SO, чтобы решить проблему. Короче говоря, отключите службу tomcat, перейдя в /usr/share/tomcat7/bin, а затем выполнив ./shutdown.sh, который дал некоторые предупреждающие сообщения (а не исключения Java).