Число du дает кумулятивные значения. То есть это пространство, занятое всем в каталоге, и все, что находится под каталогом. Число для /, следовательно, равно количеству всех файлов файловой системы.
Если вам не нужны кумулятивные числа, вы можете использовать du -S.