Некоторые продвинутые оконные менеджеры (например, xmonad) позволяют независимо друг от друга назначать рабочие пространства отдельным экранам. Но если вы предпочитаете придерживаться Unity и Compiz, просто щелкните правой кнопкой мыши верхнюю панель окна и выберите «Always on Visible Workspace». (Сначала вы должны сначала нейтрализовать окно.)