Есть ли простой способ настройки прогона VGA на Ubuntu 16.04?

Вы пробовали xkill? Запустите это из окна терминала или окна запуска, щелкните по окну, и оно должно уничтожить его.

Если это распространенная проблема, возможно, стоит создать панель запуска рабочего стола, чтобы вы могли запустить xkill с двойным -Щелкните. Вы можете сделать это обычным способом или просто выбросить его в терминал:

echo "[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Type=Application
Terminal=true
Icon=gnome-panel-launcher
Exec=xkill
Name=xkill" > ~/Desktop/xkill.desktop