У меня аналогичная проблема, я нашел настройку, которая получает ее «почти» правильно, попробуйте сами, посмотрите, помогает ли она
own_window_class Conky
own_window yes
own_window_type normal
own_window_argb_visual yes
own_window_argb_value 25
own_window_hints undecorated,below,sticky,skip_taskbar,skip_pager