Помимо изменения хранилищ (действительно?), вы можете использовать https вместо этого. Просто измените все записи с http на https:
deb https://repository.ubuntu.com saucy main # this is a made up domain
Вы также можете использовать ftp или rsync.
У меня была аналогичная проблема. Оказывается, на gpu был запущен процесс Xorg, который я обнаружил с помощью nvidia-smi. После убийства этого процесса все стало нормально.