Вот простой способ сделать это в одной строке, используя массивы:
files=(*s0??.vmdk); qemu-img convert -f vmdk -O qcow2 ${files[@]} ${files%-s001.vmdk}.qcow2;
Я бы предположил, что оба будут делиться своими настройками. Это вам не нужно, вам нужно будет перенести настройки одного из них, запустив его с помощью -settingspath ~ / some / place.
Лучше всего поместить это в сценарий запуска или файл рабочего стола.