Ключом к вышеуказанной проблеме является эта фраза: «Как только обнаружение прекратится, устройства, которые не подключены или не спарены, автоматически удаляются bluetoothd в течение трех минут».
Пожалуйста, прочитайте раздел Device discovery из http: //www.bluez.org/bluez-5-api-introduction-and-porting-guide/
У меня была аналогичная проблема, но она была сопряжена и подключена. Чтобы подключить и подключить устройство, оно должно быть обнаружено в течение последних 3 минут. И простой агент, и bluetoothctl работают нормально.